1、10集：十代和翔宿舍决斗（前篇）

2、11集：十代和翔宿舍决斗（后篇）

3、21集：融合封印！十代VS三泽（前篇）

4、22集：融合封印！十代VS三泽（后篇）

5、25集：VS万丈目闪电（前篇）武装龙的威胁

6、26集：VS万丈目闪电（后篇）武装龙LV7

7、27集：课外学习是黑暗决斗（前篇）

8、28集：课外学习是黑暗决斗（后篇）

9、29集：VS DarkNess（前篇）真红眼黑龙的挑战

10、30集：VS DarkNess（后篇）真红眼黑龙的**

11、31集：库洛偌斯 VS吸血美女卡缪拉

12、32集：恺撒 VS卡缪拉！幻魔之门发动

13、35集：兄弟的团结！搞乱三角飓风！

14、36集：三泽地VS亚马逊！娶亲决斗！

15、37集：肉弹决斗！亚马逊的死亡擂台！

16、38集：水中决斗！传说中的城市亚特兰堤斯！

17、41集：暗之**场发动！明日香 VS泰坦

18、42集：学园祭决斗！黑魔导女孩乱入

19、43集：给明日香的第二次恋爱机会！？

20、45集：VS Armnile！E.HERO完全封印

21、46集：地水炎风融合！贤者之石！

22、47集：明日香 VS万丈目！人工智能天使－弁天－

23、49集：VS影丸（后篇）三幻魔觉醒

24、50集：准人 VS库洛偌斯！艾雅斯岩的曰出！

25、51集：VS恺撒（前篇）能量融合×电子终*龙

26、53集：命运的开始！新人生爱德.菲尼克斯

27、54集：闪电 VS精英君金属捣乱王出发

28、57集：恺撒 VS艾德职业联盟赛的决斗

29、58集：VS艾德（前篇） E.HERO对 E.HERO!

30、59集：VS艾德（后篇）命运的 D.HERO!

31、60集：明日香 VS吹雪兄妹的偶像之路

32、61集：斋王登场！命运的占卜卡组

33、63集：剑山 VS咖哩魔人！辛辣决斗！

34、64集：翔 VS剑山！对大哥的火热想念决斗！

35、65集：地狱恺撒亮聚合机甲终结龙！

36、67集：VS艾德（前篇）新的力量！水之新生侠.水之海豚侠

37、68集：VS艾德（后篇）炎之火焰新生侠.闪光金龟子！！

38、69集：克洛诺斯 VS拿破仑！玩具士兵的进军！

39、71集：VS游戏霸者巨大战舰-旋轮开进！

40、73集：剑山 VS斋王！这是恐龙DNA！

41、74集：黄泉青蛙！生之青蛙！死亡青蛙！

42、77集：**的四帝卡组！造物主EMA！

43、78集：*强组合！？十代&爱德！（前篇）

44、79集：*强组合！？十代&爱德！（后篇）

45、80集：绝望国度的美少女爱丽思！

46、81集：知识问答比赛！？VS猜谜卡组！

47、84集：世界大会开幕！目标**！

48、85集：操纵神卡「拉之翼神龙」的男子！？

49、93集：白夜的决斗！十代VS明日香（前篇）

50、94集：白夜龙！十代VS明日香（后篇）

51、95集：仁至义尽的兄弟决斗亮VS翔

52、96集：相对*地形！十代VS天才*士

53、100集：究*的秘密仪式『THE WORLD』

54、101集：爱德必杀的一击！『blood D』

55、103集：十代危机！场地魔法『光之结界』

56、104集：胜利的去向？！十代 VS斋王

57、111集：万丈目闪电与云卡组之阿蒙

58、114集：绝体绝命！满是伤痕的英雄

59、119集：三重结体融合！岩浆尼奥斯

60、120集：异世界的战斗！宝玉兽VS神鹰女郎

61、121集：沙漠的生存战！约翰VS蚁地狱

62、122集：决斗学园危机！丧尸**的**！

63、123集：礼救出作战！E.HERO VS堕天使护士

64、125集：约翰·吉姆·奥布赖恩VS假面三骑士

65、126集：十代VS万丈目·龙骑士暗黑之剑

66、129集：三幻魔的威胁！十代VS马尔登

67、131集：皇牌卡大集合！打开吧，次元之门！

68、136集：邪心经典发动！暗黑界之魔神雷恩

69、141集：**的霸王！彷徨的奥布赖恩

70、142集：生存下来的胜利者就是正义！霸王VS奥布赖恩

71、143集：火山恶魔VS*凶之邪心英雄

72、144集：发动！究级封印解放仪式术

73、145集：究*封印神艾克佐迪奥斯召唤！

74、147集：因缘的对决！电子流VS宝玉兽

75、148集：究*龙对决！电子终结VS黑虹

76、149集：魔神对抗！幻魔VS艾克佐迪亚

77、153集：被选中之卡对决！元素英雄VS休伯特

78、155集：彩虹新生侠VS休伯特究*态

79、157集：潜在的威胁！「谜之来访者」

80、158集：再见吧决斗校园！十代选择的道路

81、159集：Darkness的真相！十代VS吹雪

82、160集：融合之魂！新生侠VS五神龙

83、161集：Shall We Duel-我们去决斗好吗？配对决斗的邀请

84、162集：十代VS明日香**了心意的覆盖卡

85、165集：目标！万丈目，成为职业决斗者之路！

86、167集：报恩的决斗！克罗诺斯VS“吊车尾小子”

87、168集：**决斗开始！新生侠VS荷露斯之黑炎龙

88、169集：决断的代价！奥布赖恩的炎之暗

89、170集：斋王再临！「**命运决定力」发动！！

90、171集：命运之终焉！熔岩新生侠VS暗之支配者

91、172集：决斗学园的危机！阻挡在前的宝玉兽

92、173集：Darkness的侵占被夺去的记忆

93、174集：发动！「净界」**的负影响

94、175集：大混战！十代VS约翰VS藤原

95、176集：羁绊守护者虹皇新生侠VS净惰骑士

96、177集：**的组合！「虚无与无限」

97、180集：真正的**决斗！十代VS传说的决斗者

七星篇、破灭之光篇、异次元篇、Darkness篇

为了夺取被封印在决斗学院地底遗迹中，拥有毁灭世界力量的三幻魔幻魔皇拉比艾尔、降雷皇哈蒙、神炎皇乌利亚，出现名为七星（SEVEN STARS）的神秘团体。

相应的，决斗学院方面的游城十代、天上院明日香、万丈目准、三泽大地、丸藤亮、库洛诺斯·德·梅迪奇老师和大德寺老师，被选为七星门**的守护者，并与七星猎人进行争斗。发现大德寺也是七星之一，而大德寺老师真正的目的是为了培养十代，让十代拥有打败“那个人”的力量······

就在战胜七星不久，****影丸理事长突然现身，发动七星门**真正的功用，开启了唤醒三幻魔力量的仪式，十代挺身而出和影丸交手，在*后关头十代用了大德寺老师留下来的卡片贤者之石打败了三幻魔，并且*后和凯撒亮展开了**决斗，打成平手。

三幻魔**结束后，前田隼人成为游戏设计者离开了学校，凯撒成为职业决斗者，与十代完美决斗后也离开战斗游戏学院。不过有迪拉诺剑山等厉害的新生入学，还有爱德·菲尼克斯、斋王琢磨等*为厉害的角色故意装成新生进入决斗学院。

被爱德击败的游城十代和丸藤亮受到“光之波动”的影响。无法决斗的游城十代遇到了来自新空间的使者，找回了对决斗的热忱与兴致，并得到了新空间人卡组和**—新宇侠。另一方面，连败中的凯撒接触到地下决斗，在那重生为地狱凯撒。

同时，万丈目准、天上院明日香、三泽大地等人也相继被“光之波动”所侵蚀，欧贝利斯克克·蓝宿舍变成了光之结社的据点。

到童实野町修学旅行的十代一行人，被迫接受斋王的妹妹美寿知的考验，并得知“光之波动”的真相。回到决斗学院的鲛岛校长宣布GX大赛开幕，这场原本要让**和职业决斗者交流，进而提升**决斗能力的活动，却意外成为牵扯到地球存亡的**。

在*后的对决中，爱德首先应战，但是尽管爱徳召唤出了命运英雄血魔-D却还是功亏一篑败给了斋王，十代在之后立即向斋王挑战，成功打败了被“破灭之光”操控了的斋王，并且也拯救了世界。另一方面，恢复正常的万丈目在GX大赛中不断获胜，击败了前来挑战的早乙女礼成为冠军，礼也因此进入决斗学院的奥西里斯·红。

光之波动**结束后，鲛岛校长为了提高**的决斗水平，从决斗学院四所分院请来约翰·安德森、奥斯辛奥布赖恩、吉姆·克劳戴尔·库克、亚门加勒姆和眼镜蛇教授。

按照眼镜蛇老师的指导方针“公开决斗（Disclosure Duel）”，让**戴着“Dis-belt”进行决斗，然而众人渐渐发觉事情不单纯，于是展开调查。

虽然十代经过苦战召唤出熔岩新生侠打败了眼镜蛇教授，但未能及时阻止尤贝尔，决斗学院被传送到异世界，突然来到异世界顿时让众人乱了头绪，还得对抗尤贝尔利用**制造出来的僵尸，*后在两个世界的通力合作之下，成功的回到原来的世界。但约翰为了救十代一行人，自己迷失在了异世界，身体被尤贝尔控制着。

为了救出迷失在异世界的约翰，十代等人再次前往异世界，在这里每场决斗都必须*上*命。

不断独自前进的游城十代，在同伴“死亡”和被五恶珠控制下的众人的无理指责下，被心中的黑暗彻底控制而变成了霸王军首领：霸王十代，并且在异世界成为了王者，后来因为吉姆和欧布莱恩的牺牲终于让他恢复正常，可是由于自己曾经利用融合杀过许多人而自责的他无法再使用。

然而看到凯撒奋战的身影，让他获得前进的力量，克服心理障碍救回约翰，在*后和尤贝尔的决战中，十代想起了前世的事情，十代使用超融合使自己和尤贝尔融合在一起。并且为尤贝尔清除了体内的破灭之光，*后回到了学院。但这关系到12个次元的危机并未就此结束。

因为三幻魔、光之波动和尤贝尔**，造成时空扭曲让Darkness（黑暗魔王）来到这世界。

而十代也因为尤贝尔**变得忧郁而且孤僻，在发现了DARKNESS的时候为了不让伙伴受到牵连而主动避开他们，后来更打算用退学一了百了，但是在影丸理事长和斋王的劝说下选择了留下，在战胜了流星黑龙和五帝龙后和明日香参加了组队决斗，组队后明日香打算对十代告白，却换来了十代不可望其项背的背影......

再和库洛诺斯老师的决斗让十代引起往事，重新找回了决斗的热情，得知DARKNESS出现在童野市的时候立刻赶往，其中和斋王进行了第二次对决，得知了DARKNESS突袭决斗学院的消息，剑山、万丈目、明日香、翔等人先后被黑暗吞噬，并且世界的大多数人已被“黑暗魔王”吞噬了。

吹雪和被DARKNESS控制的藤原优介大战，但是却输了，十代和约翰联手战胜了藤原，但是DARKNESS的本体却出现了，约翰因为和藤原优介的战斗而无力再战，游城十代成了*后的希望。*终用希望与信念唤醒迷失自我而被封闭的众人且打败了Darkness（黑暗魔王）。

**典礼结束后，众人还在**舞会狂欢时，游城十代已经收拾好行李，准备一个人默默离开，却在羽翼栗子球的引导下，与传说中的游戏王武藤游戏进行一场真正的**决斗......

1、游城十代（オシリス・レッド）

入学时得到决斗王武藤游戏所赠的羽翼栗子球。是奥西里斯·红的希望之星和“守护者”之后逐渐成*起来，拥有了决斗者应该背负责任这一觉悟。

当他的双眼在灵魂融合后显现出双色瞳时，可以让决斗精灵在人类次元实体化。为人十分迟钝乐天，特别是对于情商方面上是被动方。

2、万丈目准（オシリス・レッド）

大财团万丈目集团的三子，也和十代类似具有观看到决斗精灵的能力。入学时是号称新生中的决斗帝王，使用组合怪兽卡组。起初看不起蓝宿舍以外的**，在头一次被游城十代打败之后流落至北方分院，观念发生了变化，并增加了武装龙卡组+扰乱卡组。

3、天上院明日香（オベリスク・ブルー）

决斗学院内部的**校花，在学院中是人气偶像，天上院吹雪的亲妹妹。表面刚强却也能温柔地对待朋友的决斗者。吹雪失踪之后经常在晚上和丸藤亮在灯塔下讨论线索，视丸藤亮为兄长。后来喜欢十代但是始终没有对他说出自己的感情。

1、20恋爱的少女是强力的牌组[有读不过去的部分]

2、21融合封印！十代VS三泽（前篇）[CNXP]

3、22召唤野蛮人！十代VS三泽（后篇）

4、25 VS万丈目闪电（前篇）武装龙的威胁

5、26 VS万丈目闪电（后篇）武装龙LV7

6、29 VS DarkNess（前篇）真红眼黑龙的挑战

7、30 VS DarkNess（后篇）真红眼暗龙的**

8、38水中决斗！传说中的城市亚特兰蒂斯

9、41暗之**场发动！明日香VS泰坦

10、47明日香VS万丈目！人工智能天使-弁天-

11、50隼人VS库洛诺斯！Ayers Rock Sunrise（艾雅斯岩的日出）

12、51 VS恺撒（前篇）力量**×电子*终

13、52 VS恺撒（后篇）*终融合Final Fusion

14、53命运的开始！新入生爱德·菲尼克斯

15、58 VS爱德（前篇）E.HERO对E.HERO

16、60明日香VS吹雪！通往兄妹偶像之路

17、64翔VS剑山！对大哥的火热思念决斗

18、67 VS爱德（前篇）新的力量！水之新星

19、69库洛诺斯VS拿破仑！玩具兵的行进

20、71 VS游戏霸者！巨大战舰——旋轮发进

21、74黄泉青蛙！青蛙复活！死亡青蛙！

22、77**的四帝！Demiourgos（造物主）·EMA

23、78*强组合！？十代&爱德（前篇）

24、79*强组合！？十代&爱德（后篇）

25、85神之卡操纵「拉之翼神龙」的男人！？

26、93白夜之决斗！十代VS明日香（前篇）

27、94白夜龙！十代VS明日香（后篇）

28、103十代危机！场地魔法「光之结界」

29、120异世界的战斗！宝玉兽VS快乐女郎

30、122决斗学院危机！僵尸**的**！

31、123丽救出作战！E-HERO VS堕天使护士

32、125约翰吉姆奥布莱恩 VS假面的三骑士

33、126十代VS万丈目·龙骑士黑暗之剑

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